Sau khi Liên Xô tan rã, bắt đầu từ năm 1992, các nước cộng hòa thuộc Liên Xô cũ đã tổ chức giải vô địch quốc gia độc lập. Tại Nga, 6 câu lạc bộ từng chơi ở giải bóng đá vô địch Liên Xô năm 1991 (CSKA Moskva, Spartak Moskva, Torpedo Moscow, Dynamo Moscow, Spartak Vladikavkaz và Lokomotiv Moscow) cùng 14 đội từ các hạng đấu thấp hơn hợp lại thi đấu giải Russian Top Division. Giải này chia các đội thành hai bảng đấu để giảm thiểu tổng số trận đấu. Số lượng các đội thi đấu tại Top Division đã giảm dần xuống còn 18 vào năm 1993 và 16 vào năm 1994. Kể từ đó, Russian Top Division (và Russian Premier League từ năm 2002) có 16 đội thi đấu, ngoại trừ hai mùa 1996 và 1997 có thêm 2 đội để thử nghiệm.

Spartak Moskva là đội thi đấu thành công nhất khi giành 9 chức vô địch trong 10 mùa đầu tiên. Spartak-Alania Vladikavkaz là đội duy nhất phá vỡ sự thống trị của Spartak khi vô địch vào năm 1995.

Năm 2007, Zenit St. Petersburg lần đầu tiên giành được danh hiệu vô địch quốc gia Nga; họ cũng từng vô địch Liên Xô vào năm 1984. Năm 2008 chứng kiến sự trỗi dậy của Rubin Kazan, một câu lạc bộ hoàn toàn mới đối với giải đấu hàng đầu nước Nga, vì họ chưa bao giờ thi đấu ở giải vô địch quốc gia Liên Xô (Soviet Top League).